Скелетът (костната система) е твърдата основа на тялото на коня и е част от опорно-двигателния апарат. Определя формата на тялото, осигурява защита на вътрешните органи. Състои се от кости, хрущяли и връзки. Според функцията, която изпълнява, всяка кост има определена форма.
Костите са над 200. Костната система се състои от череп, гръбначен стълб, гръден кош (изграден от 18 чифта ребра и гръдна кост), гръден пояс (състои се от лопатка, ключица при коня липсва), тазов пояс (таз), кости на свободния преден и заден крайник.
Черепът се състои от мозъчен и лицев дял.Мозъчният дял се изгражда от 4 нечифтни (челна, тилна, клиновидна и решетъчна кост) и 2 чифтни (теменна и слепоочна) кости. В черепа се помества главният мозък и органите на зрението, слуха и равновесието. Лицевият дял се състои от 2 нечифтни (долна челюст и ралник) и 6 чифтни (носна, слъзна, ябълчна, небцова, горна челюст, долна носна мида) кости. Ъглите на долната челюст се наричат ганаши. За всеки кон е добре да са раздалечени – широки ганаши.
Гръбначният стълб (гръбнакът) е основна съставна част на скелета. В зависимост от прешлените, от които е изграден, се дели на 5 части с различна дължина: шийна, гръдна, поясна, кръстцова и опашна. Шийните прешлени са 7 на брой, гръдните прешлени са 18, поясните прешлени са 7, кръстцовите – 5, а опашните – 15–21 на брой.
Гръдният кош е изграден от 18 гръдни прешлена, 18 чифта ребра и от гръдната кост. Отзад се затваря от диафрагмата. В гръдния кош се намира белият дроб, а средното пространство (медиастинума) се заема от сърцето, хранопровода, кръвоносни, лимфни съдове и нерви.
Костите на свободния преден крайник са: раменна кост, лъчева и лакътна кост, подкитка (метакарпус, метакарпални кости –3 на брой, като е напълно развита средната кост, а страничните две са закърнели – тя е основа на предната свирка) и кости на пръста (при коня е развит само средният пръст). Всеки пръст се състои от 3 последователно наредени кости – фаланги. Най-горната фаланга се нарича бабкова кост (бабка), средната – венечна кост (основа на венеца – тъканите над копитото) и последнта – копитна кост (основа на копитото).Ставите са: раменна става, лакътна става, киткова става (карпална става, карпус, предно коляно) и стави между фалангите на пръста – бабкова става (между метакарпуса и бабката), венечна става (между венечната кост и бабката) и копитна става (между копитната кост и венечната кост).
Костите на свободния заден крайник са: бедрена кост, голям и малък пищял, подпетие (метатарзус, метатарзални кости – 3 на брой, както при предния крайник, основа е на задната свирка) и кости на пръста с горна (бабка), средна (венечна кост) и долна фаланга (копитна кост) – както при предния крайник. Ставите са: тазобедрена става, колянна става (коляно), задна китка (скакателна става, тарзус) и стави на пръста – както при предния крайник.
